Modell för embryots genaktivitet ska förutse effekter av skador

Med nyutvecklade molekylärbiologiska metoder ska Sten Linnarsson kartlägga hur människans hjärna utvecklas från det befruktade ägget. Med detaljinformation om vilka gener som är aktiva ska han bygga en modell som kan användas för att förutse effekten av onormala genförändringar.

Dagens molekylärbiologiska metoder gör det möjligt att i detalj studera enskilda celler, inklusive cellens transkriptom; dvs. allt RNA som cellen innehåller vid en viss tidpunkt.

Transkriptomet ger en bild av vilka gener som är aktiva, och hur aktiva de är. På det viset har det blivit möjligt att i detalj kartlägga hur olika celltyper utvecklas i människoembryots nervsystem, vilket ökar förståelsen för hur friska vävnader utvecklas men också för vilka mekanismer som ligger bakom ärftliga utvecklingsbiologiska sjukdomar.

Sten Linnarsson och hans kollegor har utvecklat en metod för att mäta genaktiviteten i flera miljoner enskilda celler och hur den aktiviteten förändras över tid. Med den metoden vill de studera människohjärnans utveckling från det befruktade ägget, och bygga en matematisk modell som beskriver och förutser genaktivitetens förändring över tid.

Modellen ska sedan kunna användas till att förutse konsekvenserna av onormala förändringar, till exempel om en specifik gen är förstörd.